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muon.pp
muon.pp.filter_obs
muon.pp.filter_var
muon.pp.intersect_obs
muon.pp.l2norm
muon.pp.neighbors
muon.pp.sample_obs
muon.tl
muon.tl.ica
muon.tl.leiden
muon.tl.louvain
muon.tl.mofa
muon.tl.snf
muon.tl.umap
muon.pl
muon.pl.embedding
muon.pl.histogram
muon.pl.mofa
muon.pl.mofa_loadings
muon.pl.scatter
muon.pl.umap
muon.utils
muon.atac.pp
muon.atac.pp.binarize
muon.atac.pp.scopen
muon.atac.pp.tfidf
muon.atac.tl
muon.atac.tl.add_genes_peaks_groups
muon.atac.tl.add_peak_annotation
muon.atac.tl.add_peak_annotation_gene_names
muon.atac.tl.count_fragments_features
muon.atac.tl.fetch_regions_to_df
muon.atac.tl.get_sequences
muon.atac.tl.initialise_default_files
muon.atac.tl.locate_file
muon.atac.tl.locate_fragments
muon.atac.tl.locate_genome
muon.atac.tl.lsi
muon.atac.tl.nucleosome_signal
muon.atac.tl.rank_peaks_groups
muon.atac.tl.scan_sequences
muon.atac.tl.tss_enrichment
muon.atac.pl
muon.atac.pl.dotplot
muon.atac.pl.embedding
muon.atac.pl.fragment_histogram
muon.atac.pl.lsi
muon.atac.pl.mofa
muon.atac.pl.pca
muon.atac.pl.tss_enrichment
muon.atac.pl.umap
muon.prot.pp
muon.prot.pp.clr
muon.prot.pp.dsb
initialise_default_files
read_10x_h5
read_10x_mtx
Release notes
Index
_
|
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
H
|
I
|
L
|
M
|
N
|
P
|
R
|
S
|
T
|
U
_
__init__() (muon.MuData method)
A
add_genes_peaks_groups() (in module muon.atac.tl)
add_peak_annotation() (in module muon.atac.tl)
add_peak_annotation_gene_names() (in module muon.atac.tl)
B
binarize() (in module muon.atac.pp)
C
clr() (in module muon.prot.pp)
count_fragments_features() (in module muon.atac.tl)
D
dotplot() (in module muon.atac.pl)
dsb() (in module muon.prot.pp)
E
embedding() (in module muon.atac.pl)
(in module muon.pl)
F
fetch_regions_to_df() (in module muon.atac.tl)
filter_obs() (in module muon.pp)
filter_var() (in module muon.pp)
fragment_histogram() (in module muon.atac.pl)
G
get_sequences() (in module muon.atac.tl)
H
histogram() (in module muon.pl)
I
ica() (in module muon.tl)
initialise_default_files() (in module muon)
(in module muon.atac.tl)
intersect_obs() (in module muon.pp)
L
l2norm() (in module muon.pp)
leiden() (in module muon.tl)
locate_file() (in module muon.atac.tl)
locate_fragments() (in module muon.atac.tl)
locate_genome() (in module muon.atac.tl)
louvain() (in module muon.tl)
lsi() (in module muon.atac.pl)
(in module muon.atac.tl)
M
module
muon.atac
muon.atac.pl
muon.atac.pp
muon.atac.tl
muon.pl
muon.pp
muon.prot
muon.prot.pp
muon.tl
muon.utils
mofa() (in module muon.atac.pl)
(in module muon.pl)
(in module muon.tl)
mofa_loadings() (in module muon.pl)
MuData (class in muon)
muon.atac
module
muon.atac.pl
module
muon.atac.pp
module
muon.atac.tl
module
muon.pl
module
muon.pp
module
muon.prot
module
muon.prot.pp
module
muon.tl
module
muon.utils
module
N
neighbors() (in module muon.pp)
nucleosome_signal() (in module muon.atac.tl)
P
pca() (in module muon.atac.pl)
R
rank_peaks_groups() (in module muon.atac.tl)
read_10x_h5() (in module muon)
read_10x_mtx() (in module muon)
S
sample_obs() (in module muon.pp)
scan_sequences() (in module muon.atac.tl)
scatter() (in module muon.pl)
scopen() (in module muon.atac.pp)
snf() (in module muon.tl)
T
tfidf() (in module muon.atac.pp)
tss_enrichment() (in module muon.atac.pl)
(in module muon.atac.tl)
U
umap() (in module muon.atac.pl)
(in module muon.pl)
(in module muon.tl)