Index _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | P | R | S | T | U _ __init__() (muon.MuData method) A add_genes_peaks_groups() (in module muon.atac.tl) add_peak_annotation() (in module muon.atac.tl) add_peak_annotation_gene_names() (in module muon.atac.tl) B binarize() (in module muon.atac.pp) C clr() (in module muon.prot.pp) count_fragments_features() (in module muon.atac.tl) D dotplot() (in module muon.atac.pl) dsb() (in module muon.prot.pp) E embedding() (in module muon.atac.pl) (in module muon.pl) F fetch_regions_to_df() (in module muon.atac.tl) filter_obs() (in module muon.pp) filter_var() (in module muon.pp) fragment_histogram() (in module muon.atac.pl) G get_sequences() (in module muon.atac.tl) H histogram() (in module muon.pl) I ica() (in module muon.tl) initialise_default_files() (in module muon) (in module muon.atac.tl) intersect_obs() (in module muon.pp) L l2norm() (in module muon.pp) leiden() (in module muon.tl) locate_file() (in module muon.atac.tl) locate_fragments() (in module muon.atac.tl) locate_genome() (in module muon.atac.tl) louvain() (in module muon.tl) lsi() (in module muon.atac.pl) (in module muon.atac.tl) M module muon.atac muon.atac.pl muon.atac.pp muon.atac.tl muon.pl muon.pp muon.prot muon.prot.pp muon.tl muon.utils mofa() (in module muon.atac.pl) (in module muon.pl) (in module muon.tl) mofa_loadings() (in module muon.pl) MuData (class in muon) muon.atac module muon.atac.pl module muon.atac.pp module muon.atac.tl module muon.pl module muon.pp module muon.prot module muon.prot.pp module muon.tl module muon.utils module N neighbors() (in module muon.pp) nucleosome_signal() (in module muon.atac.tl) P pca() (in module muon.atac.pl) R rank_peaks_groups() (in module muon.atac.tl) read_10x_h5() (in module muon) read_10x_mtx() (in module muon) S sample_obs() (in module muon.pp) scan_sequences() (in module muon.atac.tl) scatter() (in module muon.pl) scopen() (in module muon.atac.pp) snf() (in module muon.tl) T tfidf() (in module muon.atac.pp) tss_enrichment() (in module muon.atac.pl) (in module muon.atac.tl) U umap() (in module muon.atac.pl) (in module muon.pl) (in module muon.tl)